如今前往杭州西湖游覽的人越來越多，愿意上山憑吊于謙墓園的人，卻越來越少，人們對他的記憶日趨淡漠了。

明朝文人寫的史書，對他是貨譽有加的，鄧元錫的《皇明書》、朱國楨的《皇明大事記》、張岱的《石匱書》，莫不如此。眾口一詞稱頌的無非是三點。一是此人頗有才氣。年少時就有“異才奇氣”，讀書過目就可背誦。十六歲成為縣學諸生，英邁過人，每有難事，他“巡繞數行，輒得奇計”。二是此人很有行政才干。巡按江西時，平反冤獄，革除弊政，百姓稱為“神明”。三十三歲巡撫河南、山西兩省，“問民所疾苦，加意湔剔”。三是此人為官清廉，兩袖清風。他入朝擔任兵部右侍郎時，有人提醒官場潛規則，必須上下左右“打點”，即使不送金銀，也應送一些土特產，美其名曰“充交際”。于謙笑著舉起兩袖說：“吾惟有清風而已。”他被處死抄家，“清貧蕭然”，只有書籍，以及皇帝賞賜的璽書、袍鎧、冠帶之類。

這樣一位清正廉明而且功勛卓著的高級官僚，何以會有殺頭抄家的結局呢原因是復雜的。如果要一言以蔽之，在皇帝易位、政權更迭之際，工于謀國而拙于謀身，即使像于謙這樣能夠力挽狂瀾的干才，面對復雜的政治斗爭，也難免顧此失彼。

正統十四年八月，明英宗朱祁鎮在太監王振慫恿下，御駕親征。結果在居庸關西北的土木堡遭到蒙古軍隊的突擊，全軍覆沒，扈駕的幾百名官員戰死，皇帝朱祁鎮當了俘虜，王振則被護衛將軍樊忠用鐵錘砸死。

皇帝被敵軍俘虜，簡直是奇恥大辱，大臣們向代理朝政的郕王朱祁鈺提議，應當對“傾危社稷，構陷皇帝”的王振的黨羽與家屬，嚴加懲處，以安人心。話音剛落，憤怒的官員一擁而上，把王振的黨羽馬順活活打死，接著又把另外兩個黨羽毛某、王某打死。王振的侄子王山也被抓來，跪于廷前。一時間朝班大亂。缺乏政治經驗的郕王朱祁鈺不知所措，溜之大吉。剛剛升任兵部尚書的于謙當機立斷，一把抓住朱祁鈺的袍袖，向他耳語幾句，請他當場表態。朱祁鈺按照于謙的交代，對文武百官說，馬順等罪該處死，隨即下令，把王山押往西市凌遲處死，王振家屬無論老少全部斬首，家產充公。一場騷亂終于平息。吏部尚書王直握著于謙的手說：今日之事，即使有一百個王直，也辦不好啊!

國不可一日無君，太后接受群臣的建議，命郕王即帝位。郕王驚慌失措，躲進了自己的王府。于謙前往勸說，臣等實在是擔憂國家，并非為私人考慮。九月初六，郕王朱祁鈺受命登基，改年號為景泰，遙尊英宗為太上皇。

這兩件事使得朱祁鈺對于謙頓生敬意，加封他為太子少保。當時京城人心洶洶，副都御史徐有貞主張“南遷”，實際上是放棄北京逃跑。于謙堅決反對，聲淚俱下地對皇帝說：京師乃天下根本，宗廟社稷宮闕百官萬姓所在，一動大事盡去。敢言南遷者，斬!他也反對關閉九門困守的消極態度，主張積極出擊，挫敗敵軍的狂鋒，說：“不能戰，何以守”他親臨前線，誓師六軍：如今事機在此一舉，一不奮勇則禍患立至，雖生不如死。

挽狂瀾于既倒，干謙厥功至偉，朱祁鈺對他更加倚重。他兢兢業業忠心報國，經常在辦公室過夜，很少回家。操勞過度，痰疾發作。皇帝朱祁鈺不僅派遣太監輪番前往探視，而且自己親自上萬歲山砍伐竹子，提取竹瀝，送給于謙服用。《明史·于謙傳》對于這一細節，有這樣的感嘆：“寵謙太過!”這話的含義意味深長，皇帝的過分寵信必然會引來其他官僚的妒忌，使自己處于孤立的境地。正如、《皇明書》所說：皇上推誠委任，于謙亦自信不疑，于是忌者側目，言官們說他“柄用過重”，“目為跋扈”。《石匱書》也說他：“衿傲自用，遇勛庸國戚若嬰稚，視士類無當。”這對于于謙而言，并不是好事。

何況朱祁鈺登上皇帝寶座后，貪位心理作祟，一方面把回歸的英宗朱祁鎮幽禁于南宮；另一方面廢掉英宗長子朱見深的皇儲名位，改封為沂王；冊立自己的兒子朱見濟為皇儲。內閣六部大臣迫于皇帝壓力，起草文件，聲稱：陛下使國家中興，皇儲理應歸于圣子。于謙驚愕無語，考慮到皇帝對自己的恩寵，違心地在文件上簽了名。不久，朱祁鈺的獨子——皇儲朱見濟夭折，儲位虛懸，不少正直官員主張恢復沂王朱見深的皇儲名位，遭到皇帝的否決。于謙再一次陷入困境，既不便表示贊成，也不便表示反對，只能保持沉默。英宗復辟以后，這就成了政敵攻擊他的一條罪狀。于謙已經預感殺身之禍隨時可能降臨，引鏡自照，嘆息道：此一腔熱血不知竟拋灑于何地

一手策劃英宗復辟的石亨、徐有貞，得到再度登上皇位的朱祁鎮的寵信，公報私仇，誣陷于謙和內閣大學士王文“意欲迎襄王世子”為皇儲。三法司官員屈服于石、徐之流的淫威，以“謀逆”罪判處于、王二人極刑(凌遲)。對于這樣的誣陷，王文憤怒之極，眼若噴火，據理抗辯。于謙在一旁冷笑道：這是石亨、徐有貞的意思，辯也無用，不論事情有無，彼等一定要置我輩于死地。

這樣的判決，連英宗也于心不忍，說了一句良心話：“于謙實有功。”徐有貞聲色俱厲地回答：“不殺于謙，此舉為無名。”意思是說，假如不處死于謙，那么把景泰皇帝趕下臺，把你重新捧上皇帝寶座，就名不正言不順。朱祁鎮只得妥協，把于、王二人由極刑改為斬首。史書說：“(于謙)死之日，天日如驟變，陰霾四塞，天下并冤之。”反映了當時的民心所向。都督同知陳逵感念于謙的忠義，為之收殮遺骨。次年，于謙的女婿朱驥把他的遺骨歸葬杭州。憲宗即位后，糾正父皇的錯誤，為于謙平反昭雪，恢復原官，派員祭祀。孝宗即位后，追贈太傅頭銜，賜予謚號“肅愍”(神宗時改謚號為“忠肅”)，建旌功祠。雖然晚了一點，畢竟是非自有公論。