天啟初年，努爾哈赤帶兵攻占遼陽，李三才被舉薦，然因為廷議不休而作罷。天啟歲那年，啟用為南京戶部尚書，未到任而亡。

《明史李三才傳》寫：才才大而好用機權，善籠絡朝士，撫淮十三年，結交遍天下。性不能持廉，以故為眾所毀。其后擊三才者，若邵輔忠、徐兆魁輩，咸以附魏忠賢，名麗逆案；而推轂三才者，若顧憲成、鄒元標、趙南星、劉宗周，皆表表為時名臣，故世以三才為賢。

正如《明史》所記，李三才在歷史上褒貶皆有，他到底是個好官還是一個壞官，爭議不下。

明神宗萬歷帝，是明朝歷史上有名的貪于享樂，不務政事的皇帝。在位之時，沉溺富貴溫柔鄉，長時間不上朝不理政事，致使朝政混亂。

萬歷二十七年，李三才以右僉都御史的身份總督漕運。在這個時間，看多了礦監稅使大肆剝削百姓的事件。雖然后世人將這段時期的紊亂和百姓受到的災害，都歸咎于太監身上。但實際上太監背后，就是明神宗。

當時不是沒有人上奏，但是明神宗都未曾理會，于是許多人就只能閉眼當作沒看見。李三才面對這一情況，多次上疏，揭露太監利用征收礦稅的名義，大肆勒索，為非作惡的罪行。萬歷三十年和三十一年，他又一再上疏反對礦稅，并且提議修浚河渠、建筑水閘、防治水旱。

你說皇帝不知道是怎么回事兒嗎？當然是知道的，但是這些都算是他默認了的。所以面對李三才的奏疏，明神宗選擇留中不處理。李三才于是連連上疏，最后得罪了皇帝，后來差點被皇帝給罷官了。

除了針對礦監稅使剝削百姓的問題之外，李三才還不怕死的，指出了皇帝的問題。他說：今闕政猥多，而陛下病源則在溺志貨財。他毫不客氣的指出，今天朝政混亂，在于奸臣甚多。而陛下，則錯在大肆斂財。這樣一個敢于直諫皇帝的人，算是奸臣嗎？當然不算！但是凡事都有另一面。李三才的另一面，就在于他巨額財富上面。

據歷史資料記載，李三才家產多達四百七十萬兩白銀。而這么多銀子，已經相當于天啟年間朝廷一年的收入了。李三才本人工資有那么高嗎？自然不可能，那么這些就都是灰色收入。

李三才當時總督漕運，掌握的是大運河的重要樞紐。這個位置相當于什么呢？相當于一個守門人。

有人要從大運河這兒過，要帶點什么不好說的東西，都得經過李三才同意。同樣的李三才也有權決定，這貨物是好是壞。要致富先修路，李三才掌握大運河，簡直就像是坐在聚寶盆中了。但凡是要過大運河的商人，不可能不討好李三才。你說李三才還是個好官嗎？不見得！

李三才倒是一個十分懂得做官的人，交際能力強，朝中有許多他的莫逆之交。在外為官的時候，也知道在百姓心中樹立一個良好的形象，獲得百姓的愛戴。

正因為這樣，盡管他得罪了神宗和內閣首輔沈一貫，但是卻一直都沒有被罷官處置。因為一旦有些風吹草動，與李三才交好的顧憲成、鄒元標等人就會站出來力挺李三才。所以李三才一直順利的站在官場中，后來還是東林黨與浙黨官員發生黨爭，李三才才自請辭職的。