對于毛澤東發動的“文化大革命”運動，蕭克很不理解。“文革”初期，周恩來為了保護蕭克，曾秘密安排他到北京飯店躲了一個月。但是，隨著林彪、康生、江青等煽動的無政府主義思潮愈演愈烈，蕭克還是被農墾部的造反派揪到機關批斗，有些人讓他頭上戴高帽子、掛牌子，拉他到大街上游街。蕭克極為憤慨，心想：當年土地革命時期，毛澤東發動貧苦農民用這種辦法斗土豪劣紳，新中國成立10多年后，林彪、江青等人竟把這種辦法用到革命者身上，真是太荒唐！

蕭克回憶道：“那時候，我們這些人（王震、蕭克、陳漫遠）雖然還是中央委員，但是已完全被剝奪了發言權。我是欲哭無淚，欲訴無門。除了把憤怒和焦慮深深埋在心底外，我們又能做什么呢？！”“然而我深信多行不義必自斃，社會主義社會既然是人民的天下，終究要按照人民的意愿行事。”

后來，有一次機關造反派召開批斗會，誣蔑蕭克一貫反對林彪，說他在四野和中南軍區擔任參謀長時，就不尊重林彪的領導，不與林彪配合，結果被攆出四野部隊云云。有人來核實蕭克反對林彪之事，蕭克說：“在軍隊里像我這樣的干部，工作安排是由中央軍委和毛主席決定的，不是哪個人可以‘召之即來，揮之即去''的，他林彪當時還不是副主席呢，要不要我在四野和中南軍區當參謀長，只有黨中央、中央軍委、毛主席才能決定！”

1969年林彪一號令下達后，中央機關的領導干部被疏散離開北京。農墾部也不例外。蕭克、陳漫遠等一大批部、局級干部，被送到江西云山“五七”干校。

林彪主持軍委工作后，一直以“突出政治”為名，制造軍政對立，強調政治可以沖擊一切，“突出政治”的觀點成為全面建設部隊的指導思想。所謂突出政治，其實就是搞階級斗爭。在這種政治壓力下，廣大指戰員心有余悸，顧慮重重，自然不敢抓軍事訓練。蕭克認為軍隊畢竟是軍隊，不抓軍事訓練算什么軍隊。所以，蕭克決心在軍政大學徹底清除林彪“空頭政治”的流毒，重新確立軍校工作以軍事教學為中心，要把軍政大學辦成像南京軍事學院那樣培養文武雙全之才的全軍最高軍事學府，并推動全軍軍事訓練。

后來，蕭克和唐亮等經過不懈努力，終于完成這項艱巨使命，實現了劉伯承等老一輩革命家的夙愿。

有人問蕭克：林彪的歷史應怎么寫？他回答說：實事求是，從歷史實際出發，功是功，過是過，尊重歷史事實。他主張撰寫歷史的人必須“譽人不增其美，毀人不益其惡”。要尊重歷史，功過分明。