福建農林大學在職研究生教育擁有建筑學碩士、工程碩士、城市規劃碩士、農業推廣碩士、獸醫碩士、風景園林碩士、林業碩士、臨床醫學碩士、口腔醫學碩士、公共衛生碩士、護理碩士、藥學碩士、中藥學碩士等13個非全日制研究生專業學位。法律碩士（非法學）、法律碩士（法學）、工商管理碩士、公共管理碩士、旅游管理碩士、工程管理碩士、工程碩士中的項目管理、教育碩士中的教育管理、體育碩士。

福建農林大學有1個國家理科生物學基地、1個國家重點學科、1個國家重點（培育）學科、2個農業部重點學科、1個國家林業局重點學科、18個福建省重點學科、8個博士后科研流動站、11個一級學科博士點、23個一級學科碩士點、工商管理碩士MBA和公共管理碩士MPA等7個非全日制研究生專業碩士學位點以及15個高校教師在職攻讀碩士學位的學科專業。福建農林大學在職研究生有22個學院、69個專業、43個成人學歷教育專業。涵蓋十大學科門類，是教育部本科教學工作水平評估優秀高校，是第二批實施國家大學生創新性實驗計劃高校。建校75年來，學校培養了10多萬畢業生福建農林大學，為經濟建設和社會發展做出了積極貢獻。

福建農林大學積極開展對外交流與合作，充分發揮與臺灣高校和科研機構之間深厚的地緣、血緣、學緣、親緣優勢，不斷加強兩岸交流，拓展教學空間。先后與20多個國家和地區的大學和研究機構結成友好關系，開展教學、科研合作交流。福建農林大學成為有權招收外國留學生和港澳臺僑生的單位，并在全國率先招收臺灣農業行業協會會員攻讀成人教育學歷。學校與加拿大新斯科舍農學院聯合舉辦園藝、農業資源與環境2個本科專業教育項目。學校的學報(自然科學版、哲學社會科學版)向國內外公開發行，還編輯出版了《福建林學院學報》、《生物安全學報》、《林業經濟問題》、《亞熱帶農業研究》、《武夷科學》、《高教理論與實踐》等刊物。

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